W kwietniu 1811 został gubernatorem prowincji Iliryjskich, przyłączonych dwa lata wcześniej do Francji, zastępując marszałka Marmonta. Na stanowisku tym pozostał formalnie do 1813. Po klęsce Wielkiej Armii podczas wyprawy na Rosję, przedstawił cesarzowi plan odtworzenia wyniszczonej kawalerii, w oparciu o jednostki chorwackie, które jednak w przyszłości masowo zdezerterowały, gdy miały walczyć przeciwko Austriakom. Niemniej Napoleon w 1813, na czas kampanii niemieckiej powierzył Bertrandowi dowództwo IV korpusu, który walczył m.in. w bitwach pod Lützen, Großbeeren, Dennewitz i Lipskiem.
Po śmierci generała Duroca (23 maja 1813) i krótkotrwałym urzędowaniu generała Caulaincourta, który następnie przejął stanowisko ministra spraw zagranicznych, Bertrand z nadania Napoleona objął godność wielkiego marszałka dworu cesarskiego (18 listopada 1813). W czasie kampanii francuskiej 1814 roku pełnił obowiązki zastępcy szefa sztabu.