Sezon 1999/00 przynosi największy sukces w dziejach klubu, drugie miejsce na finiszu rozgrywek (w gronie 18 drużyn), co prawda awansu nie daje, jednak fakt, że pierwsze były rezerwy Dynama-2 Kijów sprawia, że klub po raz pierwszy w historii awansuje do Wyższej Lihi. W pucharze ponosi porażkę już w drugiej rundzie z CSKA Kijów, zaś rezerwy Stal-2 Ałczewsk po raz pierwszy awansują do Drugiej Lihi (grupa wschodnia, C). Pierwszy sezon w ekstraklasie nie spełnił jednak oczekiwanych nadziei. Debiut drużyna przegrała u siebie 1:2 z CSKA Kijów 12 lipca 2000 roku. Cały sezon zakończyła na przedostatnim, 13 miejscu, wyprzedając jedynie Nywę Tarnopol i spadła z ligi. W Pucharze Ukrainy przyszło Stali zaznać gorycz porażki w drugiej rundzie, kiedy lepszy okazał się trzecioligowy Sokił Złoczów.
W kolejnym sezonie spadkowicz zajmuje 6 miejsce (na 18) w Pierwszej Lidze i dochodzi do 1/8 finału krajowego pucharu, gdzie ulega Dynamu Kijów 0:2. Drużyna rezerw Stal-2 Alczewsk spada z Drugiej Lihi. W sezonie 2003/2004 Stal zajmuje 5 miejsce (na 18) w rozgrywkach Pierwszej Lihi i dochodzi do ćwierćfinału Pucharu Ukrainy, gdzie odpada po dwumeczu z Szachtarem Donieck (0:0 i 1:3).