Historia Wydział Informatyki i Telekomunikacji jest jednym z młodszych wydziałów Politechniki Krakowskiej. Pomysłodawcą jego utworzenia był profesor Józef Nizioł, rektor Politechniki Krakowskiej w latach 1990-1996. W roku 1997 uruchomiono kierunek fizyka techniczna, a jego prowadzeniem miały się zająć głównie jednostki międzywydziałowe. 4 grudnia 1998 roku Senat Politechniki Krakowskiej przyjął uchwałę, a rektor Kazimierz Flaga wydał Zarządzenie, na mocy którego 1 stycznia 1999 roku został utworzony Wydział Fizyki Technicznej i Modelowania Komputerowego. Pierwszym dziekanem został profesor Bohdan Kozarzewski.
10 grudnia 1999 roku Senat PK przyjął uchwałę o uruchomieniu studiów 5-letnich magisterskich na kierunku matematyka. Pod koniec 2001 roku uchwałą Senatu powołano międzywydziałowe studia na kierunku informatyka. Uruchomienie nowych kierunków skłoniło władze Wydziału do zmiany nazwy. Ostatecznie, Senat Politechniki Krakowskiej przyjął we wrześniu 2006 roku uchwałę zmieniającą dotychczasową nazwę na nową: Wydział Fizyki, Matematyki i Informatyki StosowanejUchwała Senatu Politechniki Krakowskiej nr 55/o/09/2006 z 22 września 2006 r.