Najnowszym oddziałem muzeum jest Kujawsko-Dobrzyński Park Etnograficzny w Kłóbce, otwarty w 1993 (wraz z dworem w Kłóbce).

W 2009, podczas obchodów jubileuszu 100-lecia, muzeum zostało odznaczone Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.

Struktura i zbiory Dział Historyczny – powołany w 1966 po rozdzieleniu Działu Artystyczno-Historycznego. Jego podstawą stały się militaria i numizmatyka. Zgromadzone w Dziale Historycznym zabytki prezentowane są również w części na ekspozycji stałej w Muzeum Historii Włocławka. Dział Archeologiczny – jego zbiory liczą kilkadziesiąt tysięcy zabytków ujętych w 1670 pozycjach inwentarza działowego. Dział Numizmatyki, Medalierstwa i Metrologii Historycznej – gromadzi zabytki z zakresu numizmatyki (monety, banknoty, obligacje, weksle), medalierstwa (medale, medaliony i plakiety), falerystyki (ordery, odznaczenia, odznaki) oraz sfragistyki i papiery wartościowe; Dział Budownictwa Ludowego – obejmuje zbiory z zakresu budownictwa ludowego Kujaw i ziemi dobrzyńskiej m.in. fotografie, skrócone inwentaryzacje oraz dokumentację techniczną wybranych obiektów. Dział Etnograficzny – był podstawą powołanego w 1909 muzeum. W czasie wojny zbiory etnograficzne zostały w większości utracone, nowa kolekcja gromadzona jest od 1945. Prezentuje zabytki sztuki ludowej m.in.