Zaraz po zakończeniu kariery Pelusso ukończył kurs trenerski w mieście Quito, a jego pierwszym miejscem pracy w roli szkoleniowca został CS Emelec z siedzibą w Guayaquil. W 1985 roku powrócił do ojczyzny, obejmując drużynę Atlético Florida ze swojego rodzinnego miasta, którą prowadził przez kolejne trzy lata w lidze regionalnej. W latach 1988–1990 był selekcjonerem reprezentacji departamentu Florida, doprowadzając ją do mistrzostwa kraju na tym szczeblu rozgrywek. Podczas sezonu 1991 trenował kolejny klub, w którym grał już podczas kariery piłkarskiej – Liverpool FC z Montevideo, zajmując z nim wówczas piąte miejsce w lidze urugwajskiej.
W sezonie 1992 Pelusso był szkoleniowcem Club Atlético Quilmes ze swojej rodzinnej Floridy, zdobywając z nią tytuł mistrzowski na szczeblu rozgrywek regionalnych. W lipcu tego samego roku ukończył studia na kierunku trenerskim w Instituto Superior de Educación Física del Uruguay z Montevideo. W 1993 roku podpisał umowę ze stołecznym Cerro, z którym rok później zajął drugie miejsce w ligowej tabeli, natomiast w 1995 roku wystąpił w Copa Libertadores, odpadając już w fazie grupowej.