Kres reform oraz zaostrzenie polityki wobec Kościoła sprawił, że w październiku 1959 roku cofnięto pozwolenie na budowę. Wkrótce oskarżono Komitet o zagarnięcie gruntów, a pieniądze ze składek skonfiskowano. Dyrekcja Budowy Osiedli Robotniczych zadecydowała o budowie szkoły na terenie przeznaczonym pod kościół i skierowała pismo w tej sprawie do kurii. W odpowiedzi z 22 kwietnia 1960 roku biskup Karol Wojtyła stwierdził, że krzyż stał się obiektem kultu i jego usunięcie byłoby złamaniem prawa kanonicznego, na dodatek obrażającym uczucia wiernych. W związku z tym, na konferencjach w Komitecie Miejskim PZPR i w Dzielnicowej Radzie Narodowej, postanowiono krzyż usunąćWalka o „Krzyż nowohucki” 27 kwietnia 1960 roku, NHpedia..
Obrona krzyża 27 kwietnia, około 8.30, na Osiedle Teatralne przyjechała grupa robotników z zadaniem usunięcia krzyża, do czego jednak nie dopuściły osoby obserwujące działania robotników. Ludzie obstawili krzyż, aby nie dopuścić do jego demontażu. Według danych milicji o godzinie 11.00 pod krzyżem stało około tysiąca osób, które śpiewały pieśni patriotyczne i religijne. Sytuację cały czas obserwowali przybywający na miejsce zdarzenia funkcjonariusze milicji, ZOMO i SB.