Bractwo w okresie pruskim przez pewien czas było jeszcze stowarzyszeniem polsko-niemieckim, potem jednakże zaczęli przeważać Niemcy. W 1789 r. uzyskano zezwolenie na strzelanie podczas dorocznych uroczystości w imieniu książąt Hohenzollernów, ci zaś odwdzięczali się przesyłając bractwu różne dary (pieniądze, puchary, medale, sztandary). Począwszy od 1790 r. trwał spór o przywileje króla kurkowego, gdyż Kamera Wojenna i Domenalna zniosła jego zwolnienia od podatków miejskich. Dopiero w 1817 r. ustalono, że król kurkowy otrzyma zamiast zwolnienia od ciężarów rocznie 33 talary i 10 groszy, a ponadto zwolniony będzie od kwaterunku.
W 1789 r. Bractwo Kurkowe wydzierżawiło ogród na Przedmieściu Toruńskim, w którym zaczęto budowę nowej Strzelnicy. W tym okresie posiadało ono 34 członków, a więc mniej niż w czasach staropolskich. W 1815 r. bractwo sprzedało Strzelnicę z powodu trudności finansowych oraz niejasnej sytuacji prawnej stowarzyszenia. Dopiero kiedy w 1821 r. rząd pruski uznał bydgoskie bractwo za korporację, któremu przysługiwało prawo do zakupu gruntu, można było uregulować sytuację własnościową. Wówczas nastąpiło uroczyste otwarcie strzelnicy. W 1824 r. władze nadały bractwu nowy statut.