Jest to kwestia dość kontrowersyjna, ponieważ rozchodzi się tutaj o wewnętrzne sprzeczności; racjonalista respektuje bowiem prawa człowieka, w tym prawo do wyznawania dowolnej religii; w chwili jednak, gdy zbiór przekonań religijnych, czy ideologicznych, odmawia ludziom innych praw, sytuacja jest zarazem paradoksalna, ale i dość prosta. Najbardziej racjonalnym stanowiskiem wydaje się być „brak tolerancji dla nietolerancji”.
Kontrowersje Racjonalizm bywa utożsamiany z filozofią oświecenia i odrzucany jako światopogląd anachroniczny przez środowiska religijne z jednej i postmodernistyczne z drugiej strony. Współczesny racjonalizm nie jest jednak tożsamy z racjonalizmem oświeceniowym, ma w nim tylko swoje historyczne korzenie (sięgające wcześniej także do antycznej Grecji). Współczesny racjonalizm opiera się głównie na myśli Bertranda Russella oraz Karla Poppera.
Krytyka Krytycy zarzucają racjonalistom, iż pomimo ich negatywnego nastawienia do wierzeń i apriorycznych założeń, sami podzielają niektóre z nich, w szczególności wiarę w to, że świat jest poznawalny rozumowo, wiarę w metodologię naukową jako najlepszy sposób poznawania rzeczywistości.