Posłanka do PE z partii nacjonalistycznej Wielkiej Brytanii (UKIP) Marta Andreasen powiedziała: „Jest to wbrew wierze i logice, że w epoce cięć budżetowych posłowie do Parlamentu dysponują ogromną sumą pieniędzy, która pozwoli na sfinansowanie tak rażąco narcystycznego projektu."
Realizacja projektu i zarządzanie nim Nad procesem tworzenia Domu Historii Europejskiej jako instytucji, projektu powstałego z inicjatywy Parlamentu Europejskiego, czuwa kilka zespołów: Rada Nadzorcza pod przewodnictwem byłego przewodniczącego Parlamentu Europejskiego Hansa-Gerta Pötteringa jest wieloosobowym organem składającym się z polityków wysokiego szczebla, łączącym kilka instytucji europejskich i władze w Brukseli. Reprezentują oni główne frakcje polityczne i organy Parlamentu.