Zachęcona pracami nad konsolą Konix Multisystem firma Atari namówiła założycieli do zamknięcia Flare i, przy wkładzie finansowym Atari, założenia przedsiębiorstwa nazwanego później Flare II.
Firma ta początkowo zajęła się projektami dwóch konsoli do gier dla Atari. Jedna z nich (o nazwie kodowej Panther) była systemem 32-bitowym, druga – 64-bitowa – to Jaguar. Prace nad drugim urządzeniem postępowały o wiele szybciej, niż się spodziewano, więc Atari zadecydowało o zamknięciu projektu Panther i skoncentrowało się na bardziej obiecującej technologii 64-bitowej.
Konsola sprzedawana była od listopada 1993 a sprzedaż konsoli odbywała się na mocy porozumienia produkcyjnego zawartego z firmą IBM i opiewającego na kwotę 500 milionów dolarów. Początkowo system rozprowadzany był tylko w Nowym Jorku i miastach zatoki San Francisco. Na rynek ogólnoamerykański konsolę wprowadzono na początku roku 1994.