Wydano 529 dyplomów magisterskich.
Ostateczne zarządzenie w tej sprawie Niemcy wydali 14 września 1940 roku: nakazano zamknięcie wszystkich wyższych uczelni i zakazano używania tytułu rektora.
Modrakowskiemu, jako profesorowi z dyplomami z Wrocławia, Monachium i Berlina, proponowano współpracę, ale odmówił. Brał udział w konspiracyjnym nauczaniu. Był wykładowcą Prywatnej Szkoły Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego doc. Jana Zaorskiego, która była konspiracyjną formą tajnego Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego.
W dwudziestoleciu międzywojennym należał do Stowarzyszenia Mieszkaniowego Spółdzielczego Profesorów Uniwersytetu Warszawskiego. Mieszkał w profesorskim domu Spółdzielni przy ul. Sewerynów 6 w Warszawie. Dom ten spalił się w 1939 roku. Powstanie warszawskie zastało go w Warszawie. Był aresztowany i przymusowo zatrudniony w niemieckim szpitalu. Po powstaniu został wywieziony do obozu do Wrocławia, gdzie po chorobie i operacji zmarł.