Okres obserwacji i diagnostyka może trwać do 2 lat i obejmuje trzy etapy: nauka techniki obserwacji cyklu kobiety według modelu Creightona i zapisywania jej wyników na specjalnej karcie oraz diagnostyka wstępna i badania hormonalne; równocześnie prowadzi się badania mężczyzny (ponieważ zarówno masturbacja, jak i stosowanie standardowej prezerwatywy jest przez Kościół katolicki uznawane za grzech, próbkę nasienia pobiera się podczas stosunku przy użyciu perforowanego zbiorniczka na nasienie); rozpoznanie przyczyny niepłodności (badania laboratoryjne, obrazowe itd.) i uzyskanie regularnych cyklów; oczekiwanie na poczęcie i towarzyszenie małżonkom przez okres ciążyM. Barczentewicz, NAPROTECHNOLOGY® – podstawy naukowe i skuteczność metody, W: Wiater, op.cit., s. 21–25..
Zastosowanie metody W założeniu naprotechnologia pozwala na wyznaczenie czasu najkorzystniejszego dla zapłodnienia, czym leczy niepłodność spowodowaną m.in. psychologiczną sferą funkcjonowania organizmu. Metoda jednak nie eliminuje przyczyn bezpłodności występującej u partnerów (jak uszkodzenia narządów, nieprawidłowe ich ukształtowanie w procesie rozwoju, całkowity brak komórek rozrodczych).