W tym czasie odnajduje też Johna, który – jak się okazuje – wcale nie jest agentem FBI ani mężem Moyi, tylko agentem NSA, który zakamuflowany miał dostarczać informacji na temat prac nad Kulą Promieni. Pomaga on Cole’owi znaleźć Kesslera.
Do ostatecznego starcia między Kesslerem a MacGrathem dochodzi dokładnie w miejscu, gdzie wybuchła Kula Promieni. W czasie walki Cole musi stawić czoła przeciwnikowi dysponującemu podobną do niego mocą. Gdy Kessler jest już umierający, przekazuje on Cole’owi swoje wspomnienia. Okazuje się, że Kessler w rzeczywistości jest Cole’em, który przybył z przyszłości, w której istota znana jako Bestia dysponująca niewyobrażalną mocą pogrążyła świat w chaosie. Alternatywny Cole wykorzystując resztki swojej mocy cofnął się o kilkadziesiąt lat, by przyspieszyć pracę nad Kulą Promieni i przygotować Cole’a do walki z Bestią. Wątek pozostaje otwarty, został rozwinięty w kolejnej części gry.