Po załamaniu się ofensywy Tết 170 tys. byłych partyzantów zdecydowało się na przejście na stronę Wietnamu Południowego. Ujawnienie, że w ramach programu torturowano i zgładzono tysiące, często niewinnych, ludzi (oskarżonych niejednokrotnie, np. w wyniku waśni sąsiedzkich, czy spraw o długi), zakończyło się głośnym skandalem międzynarodowym.
Program Feniks przyniósł w latach sześćdziesiątych zadowalające rezultaty w Laosie, gdzie zlikwidowano wielu agentów KGB z tzw. pierwszego zarządu głównego (wywiad zagraniczny), funkcjonujących w strukturach Vietcongu oraz innych doradców wywiadowczych z Pathet Lao i ChRL.
W celu likwidacji domniemanych członków VCI w terenie, zwykle otaczano podejrzaną o aktywny kontakt z Vietcongiem wioskę i po przeszukaniu, przymusowo przesiedlano ludność do otaczanych zasiekami i polami minowymi tzw. wiosek strategicznych. W przypadku prób samowolnego opuszczenia przeszukiwanej wioski lub napotkania kogokolwiek w strefie ogłoszonej jako objętą działaniami wojennymi, otwierano ogień. Operacje przeprowadzano zazwyczaj siłami lokalnych sił samoobrony i policji, a nie wojska, co pozwalało uniknąć większych zniszczeń.