21 lutego 1938 r. Jegorow na wezwanie Woroszyłowa przybył do Moskwy. Został umieszczony początkowo w areszcie domowym w Sosnach pod Moskwą, a następnie w wojskowym domu wypoczynkowym w Archangielskoje. Próbował prosić Stalina i Woroszyłowa o łaskę, przypominając o swojej współpracy z nimi podczas wojny domowej. Jego prośby okazały się bezskuteczne - został aresztowany przez NKWD 28 kwietnia 1938 r. Егоров Александр Ильич, według Wieczorkiewicza i N. Czeruszowa już 8 marcaCzeruszow opiera swoje ustalenia na podstawie materiałów archiwalnych, w tym protokołów przesłuchań marszałka jeszcze z 8 i 27 marca oraz jego oświadczenia, jakie skierował do Jeżowa 8 marca. Por. P. Wieczorkiewicz, Łańcuch..., s. 478..
Marszałek został oskarżony o przygotowywanie spisku przeciwko Stalinowi jeszcze w okresie wojny domowej, próbę udaremnienia planu rozgromienia wojsk Denikina, utworzenie "prawicowej organizacji terrorystycznej" razem z Rykowem, Bubnowem, Tuchaczewskim i Gamarnikiem, a także szpiegostwo na rzecz Niemiec i Polski. Od początku przyznawał się do wszystkiego, widząc w tym jedyną szansę na ocalenie życia. Dzięki temu nie był w śledztwie bity ani torturowany. Obciążył kolejnych wskazanych mu 60 oficerów, którzy byli następnie represjonowani.