Lata 1939–1945 przyniosły duże zniszczenia na terenie cmentarza. Władze niemieckie rozmyślnie niszczyły nagrobki zasłużonych Polaków. Z kolei w lutym 1945, po pogrzebie żołnierzy Armii Czerwonej, dokonano dewastacji protestanckiej części cmentarza. Po wojnie wzniesiono dom pogrzebowy (zbudowany w 1946, remontowany w 1980) oraz nowe bramy cmentarne w 1972.

Opis mały|Pomnik Chrystusa Króla w głównej alei Cmentarz komunalny jest największym i najstarszym cmentarzem na terenie Włocławka. Zbudowany jest na planie krzyża łacińskiego, którego dłuższe ramię stanowi aleja ciągnąca się do bramy głównej w kierunku ronda z figurą Chrystusa. Na rondzie tym dłuższe ramię przecina się z krótszym. Wszystkie aleje są prostopadłe lub równoległe względem głównej.

W murze cmentarza znajdują się cztery bramy – główna i trzy mniejsze. Trzy bramy, w tym główna, zlokalizowane są od strony Alei Chopina, jedna z bram zlokalizowana jest od strony Al. Królowej Jadwigi i została utworzona w XXI wieku, wraz z samą Aleją. W murze cmentarnym znajduje się ponadto jedno wejście dla pieszych od strony ulicy Cmentarnej. Na terenie cmentarza znajduje się cerkiew z 1895, dom pogrzebowy z 1946 i kolumbarium z 2000.