Za główną bazę postaci służy pub Hound Pits, w którym Corvo spotyka się ze swoimi sojusznikami i otrzymuje informacje odnośnie do następnych celów; w tym miejscu może też zamieniać zdobyty łup na nowe wyposażenie bądź ulepszenia. Wśród obszarów, w których Corvo wykonuje misje, znajdują się m.in. doki załadunkowe, posiadłości bogaczy, dzielnica biedoty i łaźnia. Gracz może zapisywać postęp w dowolnym momencie, o ile nie znajduje się w walce, a dodatkowo dostępny jest system punktów kontrolnych. Gra oferuje cztery poziomy trudności, które determinują pulę zdrowia i many Corva, otrzymywane przez niego obrażenia oraz to, jak bardzo świadomi jego obecności są przeciwnicy. Na najniższym poziomie trudności możliwe jest regenerowanie zdrowia postaci.

W Dishonored zawarto elementy gry fabularnej, takie jak możliwość ulepszania mocy i dokonywania wyborów moralnych, z silnym naciskiem na konsekwencje działań bohatera. Grę zaprojektowano w taki sposób, żeby możliwe było ukończenie jej bez zabijania ani jednego bohatera niezależnego (NPC), w tym bossów i celów misji. Reżyser Harvey Smith jako przykład podaje misję poboczną, w której Corvo decyduje się nie zabijać celu, ten zaś później porywa i więzi dwa inne jego cele. Każda misja oferuje wiele sposobów na eksplorowanie obszaru, na którym się rozgrywa oraz dotarcia do celów.