W 1999 roku Cáceres został zawodnikiem argentyńskiego drugoligowca Huracán Tres Arroyos. Spędził tam rok i mimo braku awansu do najwyższej klasy rozgrywkowej regularnie występował w wyjściowej jedenastce. W letnim okienku transferowym 2000 powrócił do Cerro Porteño, z którym rok później wywalczył czwarte w karierze mistrzostwo Paragwaju. Jego dobra gra zaowocowała powrotem do Argentyny, tym razem do Estudiantes La Plata z Primera División. Przez niemal cztery lata był filarem defensywy tego klubu, notując 114 występów w lidze argentyńskiej, lecz nie odniósł z nim większych osiągnięć. Latem 2006 przeszedł do innego klubu z Argentyny, Belgrano Córdoba, z którym po sezonie 2006/2007 spadł do Primera B Nacional i spędził w niej pół roku.
W 2008 roku Cáceres powrócił do ojczyzny, podpisując umowę ze swoim byłym zespołem Guaraní. W sezonie Clausura zdobył z nim wicemistrzostwo Paragwaju, co zaowocowało transferem do znacznie bardziej utytułowanego Club Olimpia.