Faza grupowa Runda rozgrywana w formie fazy grupowej. Z każdej pięciozespołowej grupy awans uzyskiwały trzy najlepsze drużyny. Lp. Kolejka Data Miejsce Przeciwnik Wynik75. 1.19.10.2006 Kraków Blackburn Rovers 1:2 (1:0)76. 2.02.11.2006 Nancy AS Nancy 1:2 (1:1)77. 4.30.11.2006 Kraków FC Basel 3:1 (1:1)78. 5.13.12.2006 Rotterdam Feyenoord Rotterdam 1:3 (1:2)
Tabela Miejsce Drużyna Mecze Zwycięstwa Remisy Porażki Bramki Z. Bramki S. Różnica Punkty 1. Blackburn Rovers 4 3 1 0 6 1 +5 10 2. AS Nancy 4 2 1 1 7 4 +3 7 3. Feyenoord Rotterdam 4 1 2 1 4 5 -1 54. Wisła Kraków 4 1 0 3 6 8 -2 35. FC Basel 4 0 2 2 4 9 -5 2
Liga Mistrzów 2008/2009 II runda kwalifikacyjna Runda rozgrywana w formie dwumeczu. Lp. Data Miejsce Przeciwnik Wynik79.30.07.2008 Jerozolima Beitar Jerozolima 1:2 (1:0)80.06.08.2008 Kraków Beitar Jerozolima 5:0 (3:0)
III runda kwalifikacyjna Runda rozgrywana w formie dwumeczu. Lp. Data Miejsce Przeciwnik Wynik81.13.08.2008 Barcelona FC Barcelona 0:4 (0:2)82.26.08.2008 Kraków FC Barcelona 1:0 (0:0)
Puchar UEFA 2008/2009 I runda Runda rozgrywana w formie dwumeczu. Lp. Data Miejsce Przeciwnik Wynik83.18.09.2008 Londyn Tottenham Hotspur 1:2 (1:1)84.02.10.2008 Kraków Tottenham Hotspur 1:1 (0:0)