14 kwietnia 1920 roku (według innego źródła 17 kwietnia) został aresztowany przez Oddział Specjalny 16 Armii pod zarzutem „narodowej kontrrewolucji”. Pomimo wstawiennictwa Wilhelma Knorinsza i Alaksandra Czarwiakoua, 26 kwietnia skazano go na najwyższy wymiar kary. 29 maja został rozstrzelany w mieście Nowozybkow.
23 marca 1992 roku został zrehabilitowany przez prokuraturę Republiki Białorusi. Jego miejsce pochówku pozostaje nieznane. Zdaniem białoruskiego pisarza Uładzimira Arłoua Fabijan Szantyr stał się pierwszą ofiarą bolszewickiego terroru tak w białoruskiej polityce, jak i w białoruskiej literaturze.
Działalność publicystyczna i literacka Współpracował z białoruską gazetą „Nasza Niwa”, na łamach której w latach 1909–1912 publikował swoje prace literackie, w tym poetyckie. W latach 1910–1911 pod pseudonimami N.Swietłow i A.Chmara umieszczał także swoje artykuły w rękopiśmiennych czasopismach „Zaria” i „Gołos niza” wydawanych w Kopylu. Pisał przede wszystkim romantyczne opowiadania, pozbawione fabuły i zbliżone do obrazków-impresji. Poruszał w nich tematykę trudnego życia białoruskiej wsi. Tworzył także wiersze. W pracach publicystycznych podkreślał znaczenie rozwoju oświaty jako warunku wzrostu świadomości narodowej białoruskiego ludu.