W 1941 Isis Kischka został aresztowany i uwięziony w obozie w Romainville, a następnie w Compiègne. Przebywając w obozie malował sceny rodzajowe ilustrujące codzienne życie oraz portrety współwięźniów, był inicjatorem życia artystycznego, dzięki jego postawie inni artyści również tworzyli. W Compiègne zaprzyjaźnił się z Davidem Goychmanem, Jakiem Ostrowskym i Savelym Schleiferem, który uwiecznił Kischkę na kilku swoich obrazach. We wrześniu 1942 razem z innymi więźniami pochodzenia żydowskiego został przeniesiony do obozu w Drancy, jako jedynemu spośród przyjaciół udało mu się uniknąć transportu do Auschwitz. Wtedy obiecał sobie, że jeśli przeżyje wojnę poświęci się tylko malarstwu. W sierpniu 1944 obóz w Drancy został wyzwolony i Isis Kischka wrócił do Paryża. Udało mu się uratować przez zniszczeniem wiele obrazów swoich i zamordowanych przyjaciół, dzieła Jacques'a Gotko, Davida Brainina, Abrahama Josepha Berline, Savely'ego Schleifera i Jacques'a Ostrowsky'ego, część tych prac przekazał do Beit Lohamei Haghetaot. Większość dorobku sprzed aresztowania uległa zniszczeniu.