Krytyka i skuteczność System krytykowany był na początku swojego rozwoju jako kosztowny i czasochłonny. Ponadto wojskowi uważali, że Izrael potrzebuje systemów ofensywnych, a nie defensywnych. Siły Powietrzne Izraela postrzegały pociski przechwytujące za potencjalne zagrożenie dla izraelskich samolotów podczas operacji wojskowych. Wątpliwości poddane zostały możliwości przechwycenia celów takich jak pociski moździerzowe i artyleryjskie. W 2006 roku ówczesny zastępca szefa sztabu gen. mjr. Mosze Kaplinski uznał, że podjęcie decyzji o rozwoju systemu podyktowane były emocjami i obawami, jakie narodziły się po drugiej wojnie w Libanie, co nie powinno mieć miejsca w procesie decyzyjnym.
Profesor Uniwersytetu Telawiwskiego Re’uwen Pedacur uznał system za nieekonomiczny, ponieważ nie odpowiada stosunkowi kosztów do korzyści. Swoje stanowisko argumentował tym, że rakieta Kassam kosztuje pięć dolarów, natomiast pocisk Tamir ok. 100 000 dolarów. Według naukowca system nie byłby w stanie efektywnie chronić celów zaatakowanych z odległości pięciu kilometrów. Krytycy systemu zalecali zakup istniejących systemów Skyguard i Centurion, które zapewniłyby ochronę izraelskiego terytorium na krótkich dystansach. Żelazna Kopuła w początkowej fazie testów i użytkowania nie posiadała możliwości zestrzeliwania kilku celów naraz, co również uznawano za wadę.