Ostateczna koncepcja przebiegu trasy pochodzi z sierpnia 1893, a jej autorem był Adolf Guyer-Zeller (koncepcja ta powstała w jego głowie w nocy z 27 na 28 sierpnia). Tym razem trudności formalne zostały pokonane: 21 grudnia 1894 uzyskano koncesję na budowę linii o szerokości 1000 mm, a 27 lipca 1896 uzyskano pozwolenie na budowę. W konstrukcji linii zastosowano szyny zębate systemu Struba, będącego kompilacją systemów zębatych Riggenbacha i Abta.
Pierwszy odcinek linii – z Kleine Scheidegg do Eigergletscher (2320 m n.p.m.) został otwarty w 1898. W kwietniu 1899 dotarto do prowizorycznej stacji Rotstock. Z uwagi na trudności terenowe, tempo pracy przy budowie linii znacznie spadło. Niemniej jednak 28 czerwca 1903 otwarto odcinek do Eigerwand (2865 m n.p.m.), a w 1905 budowniczowie dotarli do stacji Eismeer (3160 m n.p.m.). 21 lutego 1912 o 5:35 przebito ostatnią skałę w tunelu pod Jungfrau, dzięki czemu 1 sierpnia 1912 – po 16 latach budowy – otwarty został odcinek długości 3,6 km do stacji Jungfraujoch na wysokości 3454 m n.p.m. Pierwotnie planowano zakończyć linię pod szczytem, ostatecznie jednak stacja końcowa została zbudowana pod przełęczą. Cała trasa liczyła sobie 9,3 km, a koszty jej budowy, szacowane pierwotnie na 8 milionów franków szwajcarskich, zamknęły się ostatecznie kwotą 16 milionów franków.