W okresie międzywojennym został on częściowo przebudowany, by w pełni odpowiadał wymogom liturgii rzymskokatolickiej. Okres prawosławny w trakcie II wojny światowej W czasie II wojny światowej ponownie został przejęty przez prawosławnychMiało to związek z kampanią ukrainizacji ziemi chełmskiej. Z poparciem władz okupacyjnych prawosławni Ukraińcy odzyskali w czasie II wojny światowej dwadzieścia straconych wcześniej cerkwi. Por. R. Torzecki, Polacy i Ukraińcy. Sprawa ukraińska w czasie II wojny światowej na terenie II Rzeczypospolitej, Państwowe Wydawnictwo Naukowe, Warszawa 1993, , s. 48-50..
Okres katolicki po II wojnie światowej W 1945 budynek ponownie stał się świątynią katolicką i został po raz drugi wyremontowany. W latach 1972 i 1974 rozebrano dwie wieże, które zastąpiła pojedyncza wieża na frontonie i sygnaturka nad nawą. Cały budynek z zewnątrz pokrywa kremowa terakota. Pierwotnie cechy stylowe obiektu zostały częściowo zatracone w toku późniejszych przebudów. W 1945 w kościele pojawił się ołtarz główny z obrazami Serca Pana Jezusa, Matki Boskiej Częstochowskiej, Świętej Rodziny i Stygmatów św. Franciszka z Asyżu. W 1966 do świątyni wstawiono ołtarz boczny. W kościele wykorzystywane są także dziesięciogłosowe organy. Otoczenie Pierwotnie plac otaczający cerkiew w Biszczy pełnił funkcje cmentarza.