Równocześnie uczęszczał na studia podyplomowe na Uniwersytecie Lwowskim, 28 marca 1931 obronił u prof. Władysława Podlachy pracę doktorską otrzymując tytuł doktora filozofii. Po śmierci marszałka Józefa Piłsudskiego Józef Kluss został członkiem Tymczasowego Komitetu Organizacji Muzeum Józefa Piłsudskiego, które miało się mieścić w Belwederze. Po jego uruchomieniu otrzymał funkcję kustosza i wszedł w skład komisji zajmującej się konserwacją pałacu.
Podczas II wojny światowej był zaangażowany w tajne nauczanie w gimnazjach im. Stanisława Staszica i Adama Mickiewicza i w szkole handlowej Roesslerów. Po upadku Powstania Warszawskiego uciekł z transportu prowadzonego do Dulagu 121 w Pruszkowie i przedostał się do Lublina, gdzie znalazł zatrudnienie, jako przewodniczący departamentu ochrony zabytków w resorcie Resorcie Kultury i Sztuki PKWN.