W 1975 roku Aragonés za namową trenera Mario Mercado powrócił do ojczyzny, podpisując kontrakt z drużyną Club Bolívar z miasta La Paz. Jednocześnie chciał kontynuować porzucone w Argentynie studia, jednak nie pozwoliła mu na to decyzja rządzącej wówczas w Boliwii dyktatury wojskowej o zamknięciu wszystkich uniwersytetów w kraju. W sezonie 1976 wywalczył z Bolívarem mistrzostwo kraju i sukces ten powtórzył również dwa lata później, podczas rozgrywek 1978. Jako gracz Bolívaru zdobył 64 bramki w 109 spotkaniach, kilkakrotnie brał udział w międzynarodowym turnieju Copa Libertadores. Stworzył skuteczny ofensywny duet z Jesúsem Reynaldo, z którym przyjaźnił się również prywatnie. Jest uważany za jedną z największych legend w historii klubu i idola kibiców Bolívaru.
W 1981 roku przeszedł do brazylijskiego SE Palmeiras z miasta São Paulo, jako następca Ademira, jednak nie odniósł z tym klubem żadnych sukcesów, regularnie trapiony przez kontuzje. W 1984 roku został zawodnikiem Coritiba FBC, gdzie przyczynił się do zdobycia pierwszego w historii klubu mistrzostwa Brazylii w 1985 roku, lecz w połowie rozgrywek ponownie powrócił do Boliwii.