Miasto wymagało generalnej reformy, stąd pomysł na ogłoszenie 1 marca 1921 konkursu na generalny plan rozwoju Wrocławia. W pierwszych latach po wojnie samorząd wrocławski zmagał się z problemem bezrobocia i brakiem lokali mieszkalnych i już od 1918 z udziałem kapitału miejskiego, powstawały spółdzielnie i zrzeszenia, wznoszące nowe osiedla mieszkaniowe.
Władze miejskie na czele z Wagnerem starały się przeciwdziałać oddziaływaniu komunistów, których wpływy wzrosły po I wojnie światowej). W 1933 Wagner został usunięty z urzędu nadburmistrza Wrocławia przez głoszących hasła populistyczno-narodowe hitlerowców. Później, jako przeciwnik nazistów był wielokrotnie więziony. Następnie przeniósł się do Jeny, gdzie w latach 1934–1945 pełnił funkcję kierownika fundacji miejscowej kasy oszczędności.
Po II wojnie światowej Otto Wagner, jako działacz Partii Liberalno-Demokratycznej (niem. Liberal-Demokratische Partei), został 11 maja 1945 mianowany przez amerykańskie władze wojskowe komisarycznym burmistrzem Jeny. 1 lipca 1945 miasto przejęły jednak wojska Armii Czerwonej i Jena znalazła się w radzieckiej strefie okupacyjnej. Wagner ustąpił wówczas z przyczyn zdrowotnych i 14 lipca 1945 przekazał stanowisko Heinrichowi Troegerowi.