Dodatkowym problemem był niezwykle twardy grunt, który utrudniał budowę. Początkowo na tym odcinku w użyciu był tylko jeden tunel, drugi został uruchomiony dopiero w roku 2000. Natomiast sam ten odcinek ten został otwarty 31 grudnia 1987 roku. Na tym zakończyła się pierwsza faza budowy linii.
Kolejny etap budowy Linii Dzierżyńskajej rozpoczęty został w 1988 roku, gdy zaczęto przygotowywać teren i grunty do konstrukcji kolejnych odcinków. Właściwe prace ruszyły w 1990 roku i miały one na celu połączenie stacji Sibirskajej ze stacją Marszałka Pokryszkina. Miało to zwiększyć długość całej linii do 5,86 kilometrów. W 1996 roku miasto Nowosybirsk odwiedził rosyjski prezydent Borys Jelcyn. Podczas wizyty odwiedził on także metro i obiecał przekazanie funduszy na dalszą rozbudowę. Obietnice te nie zostały nigdy spełnione. Ostatecznie 28 grudnia 2000 roku nowy odcinek został otwarty. Poprawa sytuacji ekonomicznej, zarówno w kraju, jak i w mieście, sprawiła, że 25 czerwca 2005 roku uruchomiono kolejną stację Bieriezowają Roszczę. Problemy techniczne i finansowe spowodowały, że odcinek ten nie przez najbliższe kilka lat nie zyskał kompletnej sprawności i przepustowości. Budowa kolejnego odcinka rozpoczęła się jeszcze w 1992 roku, ale pod koniec lat dziewięćdziesiątych z uwagi na problemy gospodarcze została ona zahamowana.