9 listopada 1867 roku domeny Satsuma i Chōshū, w imieniu nowego cesarza, stworzyły tajną dyrektywę rozkazującą „zamordowanie zdradzieckiego poddanego, Yoshinobu”Autentyczność dyrektywy jest podawana w wątpliwość z powodu użycia brutalnego języka oraz braku podpisu cesarza. Na krótko przed tym wydarzeniem Yoshinobu, przystawszy na propozycję daimyō Tosy, zrezygnował ze swej funkcji, przekazując władzę cesarzowi i godząc się na „bycie instrumentem do wypełniania” cesarskich rozkazówSatow, s. 282.. Był to koniec siogunatu Tokugawów.
Choć rezygnacja Yoshinobu stworzyła nominalną pustkę na najwyższych szczeblach władzy, nadal funkcjonował jego aparat państwowy. Co więcej, władze siogunatu pozostawały realną siłą zmieniającej się sceny politycznej, zachowując wiele mocy wykonawczych, i Satow, s. 283. Prócz tego Satow (s. 285) spekuluje jakoby Yoshinobu zgodził się na zwołanie zgromadzenia daimyō licząc, że takie ciało przywróci go do władzy., co samurajowie z Satsumy i Chōshū uznali za niedopuszczalneSatow, s. 286..