W 1965 roku zostaje uruchomiony Wydział Pediatrii. Lata 1971-1980 to dekada burzliwego rozwoju, przy wielkim finansowym wsparciu sowieckiego Ministerstwa Zdrowia, Nowosybirski Instytut Medyczny wzmacnia swe zaplecze techniczno-materiałowe i staje się wiodącą uczelnią tego typu na terenie Syberii. W 1972 roku otwarto nowy budynek instytutu, z nowymi laboratoriami, salami wykładowymi, a wkrótce oddano do użytku dwa studenckie akademiki. W 1978 roku uruchomiono Wydział Stomatologiczny. Po rozpadzie Związku Radzieckiego pojawiają się problemy ekonomiczne, ale uczelnia nadal stara się utrzymywać swoją dotychczasową renomę, głównie dzięki dobrej kadrze naukowej. Spada także średnia liczba studentów, z poziomu 800 w czasach sowieckich do około 550 już w dobie Federacji Rosyjskiej.
Uniwersytet obecnie W 1998 roku Nowosybirski Instytut Medyczny otrzymuje nowy certyfikat państwowy i od 1999 roku uczelnia zaczyna funkcjonować jako Nowosybirska Medyczna Akademia Państwowa. Poprawa sytuacji ekonomicznej w Rosji po 2000 roku sprawia, że uczelnia ponownie zaczyna się rozwijać. W 2005 roku po spełnieniu wszystkich wymogów akredytacyjnych uczelnia uzyskuje status uniwersytecki i jest odtąd znana jako Nowosybirski Medyczny Uniwersytet Państwowy. W 2009 roku na uczelni studiowało 4900 osób.