W 1996 roku rozpoczęto kolejną rekonstrukcję zoo, już w nowych warunkach postsowieckiej Rosji. Odnowiono i powiększono wybiegi, wymieniono klatki i sprzęt techniczny, postawiono nowe pawilony, co pozwoliło na sprowadzenie nowych okazów, m.in. lemurów, tamaryn, galago. Postawiono także akwarium dla egzotycznych ryb. Po 2006 i 2007 roku do ogrodu zoologicznego zawitały białe tygrysy, które stały się jedną z największych atrakcji. Jekaterynburskie zoo rozpoczęło także współpracę z innymi ogrodami zoologicznymi, zarówno w Rosji jak i na świecie. W 2003 roku z Czech sprowadzono pierwsze w Rosji okazy fossy. W 2007 roku pojawiły się w zoo pierwsze słonie, a w 2008 roku szympansy oraz gibon.
Zoo obecnie thumb|240px|Biały niedźwiedź w Jekaterynburskim zoo Jekaterynburski Ogród Zoologiczny jest najstarszą tego typu placówką na Uralu i pierwszą jaka powstała w azjatyckiej części Rosji. Jest jednym z najmniejszych ogrodów zoologicznych w kraju, zajmując powierzchnię 2,5 hektara. Położone jest w centrum miasta, na terenie rejonu oktiabrskiego. Rocznie odwiedza je około pół miliona zwiedzających. Zoo prowadzi działalność edukacyjną i kulturalną. Dla dzieci organizowane są festiwale, konkursy oraz pokazy. Nawiązano współpracę ze szkołami podstawowymi i średnimi w mieście, a także instytutami szkolnictwa wyższego.