Reaktywacja nastąpiła w 1946 roku, ale muzeum nie otrzymało już swej dawnej siedziby, zamiast tego przyznano mu zamkniętą od 1926 roku Cerkiew Wniebowstąpienia Pańskiego. W latach sześćdziesiątych XX wieku okazało się, że dawne budynki cerkiewne są za małe by sprostać stale rosnącym zbiorom. Muzeum przyznano więc do użytku kolejny dawny obiekt sakralny, mianowicie Sobór św. Aleksandra Newskiego. Zgromadzono tam m.in. dział historii naturalnej, a także pomieszczenia badawcze i archiwum muzealne. 14 marca 1978 roku muzeum zostało przekształcone w stowarzyszenie, które od tej pory skupiało wiele mniejszych placówek, zarówno w mieście, jak i na terenie obwodu swierdłowskiego.
Po rozpadzie Związku Radzieckiego zmieniła się sytuacja muzeum. Musiało ono zwrócić prawowitym właścicielom m.in. Sobór św. Aleksandra Newskiego (1991 rok), a później także zabudowania Klasztoru Nowotichwińskiego. W zamian otrzymało budynek dawnego Domu Kultury imienia Feliksa Dzierżyńskiego. Początki lat dziewięćdziesiątych XX wieku nie były dla muzeum złe, mimo zwrotu obiektów sakralnych, nadal otrzymywało ono wsparcie finansowe od władz. Kłopoty nadeszły wraz z problemami ekonomicznymi i kryzysem finansowym, jaki dotknął Federację Rosyjską.