W maju 2001 roku Woonton odwiedza Brukselę, gdzie spotkał się z przedstawicielami Komisji Europejskiej z którymi dyskutował na temat stosunków Unii z państwami Pacyfiku.
W sierpniu 2001 roku Robert Woonton zostaje powołany na stanowisko wicepremiera. 8 lutego 2002 roku Woonton wchodzi w konflikt z premierem Maoate, którego oskarża o okrutne i dyktatorskie zapędy jakie wykazał odwołując dwóch ministrów z rządu. Po krytyce pod adresem premiera Woonton podaje się do dymisji, ale kilka godzin później, po odrzuceniu wotum nieufności przeciwko premierowi, Maoate oświadcza, że nie przyjmuje dymisji swojego podwładnego i jednocześnie nie ma mu złe jego krytyki. Cztery dni później, 12 lutego 2001 roku, zostaje zgłoszony nowy wniosek o wotum nieufności pod adresem premiera. Przechodzi on stosunkiem głosów 15 do 9, a nowym szefem rządu Wysp Cooka zostaje Robert Woonton.
Premier Wysp Cooka Po objęciu urzędu premiera Robert Woonton ogłosił, że wsparł wotum nieufności przeciwko swojemu byłemu szefowi i koledze partyjnemu, gdyż był zmęczony, że państwo rządzone jest przez nieudolnych biurokratów z otoczenia Maoate, a nie przez polityków wybranych w wyborach przez obywateli.