W czasie rosyjskiej wojny domowej tereny te podlegają początkowo rządowi Białych, na którego czele stał admirał Aleksandr Kołczak, a następnie przechodzą w ręce bolszewików. W 1922 wołost zostaje zlikwidowana, a w 1925 roku ustanowiony zostaje rejon kysztowski. Od 1937 roku znajduje się on w granicach obwodu nowosybirskiego. W czasach stalinowskich miejscowej rolnictwo przechodzi program forsownej kolektywizacji. Obecne granice rejon uzyskał w 1964 roku.
Charakterystyka Rejon kysztowski jest jednym z największych obszarów wchodzących w skład obwodu nowosybirskiego, ale jednocześnie zamieszkuje go najmniejsza liczba ludności i jest to także teren o najniższej gęstości zaludnienia. Położony jest w północno-zachodniej części obwodu, a odległość do Nowosybirska wynosi około 600 kilometrów. Najbliższa stacja kolejowa oddalona jest o 158 kilometrów. Rejon jest niezwykle bogaty w zasoby naturalne, znajdują się tu m.in. pokłady gliny, torfu, sapropelu, a także ropy naftowej. Intensywnie eksploatowane jest jedno złoże, którego rezerwy określa się na 119,6 milionów ton. Znajduje się tu także kilka sfer chronionych i rezerwatów przyrody, a przez teren rejonu przepływa rzeka Tara.