W 1944 przeniósł się na pokład niszczyciela „Whelp”, na którym prowadzono działania w ścisłej współpracy z nowo utworzoną Brytyjską Flotą Pacyfiku. Był obecny w Zatoce Tokijskiej, gdy podpisywano akt kapitulacji Japonii kończący II wojnę światową.
W 1946 wrócił do Wielkiej Brytanii na pokładzie „Whelp” i został wysłany jako instruktor do Szkoły Oficerskiej w Corsham w hrabstwie Wiltshire. Po ślubie pracował w biurze admiralicji. Odbył kurs w Old Royal Naval College w Greenwich. W 1949 został mianowany pierwszym oficerem królewskiego niszczyciela „Chequers” i stacjonował na Malcie. W lipcu 1950 został awansowany do stopnia komandora porucznika i objął dowodzenie królewską fregatą „Magpie”.
W lipcu 1951 zakończył czynną służbę w marynarce, w 1952 awansował do stopnia komandora, a 15 lutego 1953 został mianowany admirałem floty.
Związek z Elżbietą II Znajomość i ślub mały|upright|Monogram Filipa W lipcu 1939 na pokładzie królewskiego jachtu „Britannia” poznał wówczas 13-letnią księżniczkę Elżbietę, na której wywarł duże wrażenie. Zaczął z nią korespondować, a lord Louis Mountbatten zasugerowal, że powinien się z nią ożenić.