Z kolei w ramach akcji konfiskaty kosztowności cerkiewnych monastyrowi odebrane zostały cenne ikony, koszulki na obrazy i inne przedmioty o znacznej wartości. W 1924 lub 1925 wspólnota została ostatecznie zlikwidowana, a jej zabudowania przekazane wojsku i instytucjom państwowym. W momencie tym w monastyrze przebywało 146 sióstr. Część z nich zamieszkała po zamknięciu klasztoru w domach wiernych lub swoich krewnych, inne jeszcze do 1928 żyły wspólnie, prowadząc spółdzielnię rolną i organizując codzienne zajęcia według reguły zakonnej. W 1928 również spółdzielnia uległa likwidacji.
W czasie niemieckiej okupacji Połocka podczas II wojny światowej mniszki otrzymały zezwolenie na ponowną organizację monastyru. Nie objęły jednak całego kompleksu jego budynków, gdyż w jednym z obiektów mieszkalnych stacjonowało dowództwo niemieckie, zaś w cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego przetrzymywano jeńców radzieckich. Niemcy zgodzili się również na ponowne przewiezienie do Połocka relikwii św. Eufrozyny. Nastąpiło to w 1943.