Kiedy wkroczenie wojsk niemieckich zmusiło bolszewików do wycofania się z Rewla, Anvelt przedostał się do Piotrogrodu, gdzie powierzono mu obowiązki komisarza regionu północno-zachodniego, a następnie komisarza ds. narodowości w regionie północnym. Gdy w końcu listopada 1918 r. czerwona 7 Armia wkroczyła do Pskowa i Narwy, w drugim z wymienionych miast Anvelt ponownie pokierował próbą utworzenia bolszewickiego rządu Estonii – Estońskiej Komuny Ludu PracującegoJ. Smele, The "Russian" Civil Wars 1916–1926. Ten Years That Shook the World, Hurst&Company, London 2016, , s. 93.. Został przewodniczącym jej Rady Komisarzy Ludowych, pełnił także obowiązki komisarza spraw wojskowych.
Wojska proklamowanej w lutym 1918 r. niepodległej Estonii pod dowództwem gen. Johana Laidonera z pomocą brytyjskiego korpusu interwencyjnego i z taktycznym wsparciem sił białych operujących w regionie pskowskim zmusiły jednak siły czerwonych do wycofania się z Estonii. Estońska Komuna Ludu Pracującego opuściła Narwę 19 stycznia 1919 r. i w tym samym miesiącu została formalnie rozwiązana.
Anvelt pozostał członkiem Biura Zagranicznego przy KC Komunistycznej Partii Estonii, od października 1919 r. będąc również komisarzem politycznym w Armii Czerwonej. Od lutego 1920 do lutego 1921 r.