Filippo Inzaghi w latach 1994–1995 w reprezentacji Włoch U-21 rozegrał 14 meczów, w których zdobył 3 gole. Debiut zaliczył 16 lutego 1994 roku na Teddy Kollek Stadium w Jerozolimie z bezbramkowo zremisowanym meczu towarzyskim z reprezentacją Izraela U-21Filippo Inzaghi - Reprezentacja, zastępując w 67. minucie Mario LemmeIzrael U21 - Włochy U21, 16 lut 1994 - Mecze towarzyskie. Z drużyną Azzurrich zdobył mistrzostwo Europy U-21 1994 po wygranej w 20 kwietnia 1994 roku na Stade de la Mosson we francuskim Montpellier 1:0 po dogrywce) z reprezentacją Portugalii U-21. Ostatni mecz w reprezentacji Włoch U-21 rozegrał 15 listopada 1995 roku na Stadio Marcello Melani w Pistoii w bezbramkowo zremisowanym meczu eliminacyjnym mistrzostw Europy 1996 z reprezentacją Litwy U-21Włochy U21 - Litwa U21, 15 lis 1995 - Eliminacje do Mistrzostw Europy U-21.
W seniorskiej reprezentacji Włoch zadebiutował 8 czerwca 1997 roku na Stade de Gerland w Lyonie w zremisowanym 3:3 meczu z reprezentacją Brazylii w ramach turnieju Tournoi de France, w którym 59.