W wyniku historycznych zmian politycznych, ekonomicznych i społecznych zwanych restauracją Meiji w 1868 roku stolica Japonii została przeniesiona z Kioto do Tokio. Również cesarz Meiji, który mieszkał w tym pałacu, przeniósł się do obecnego Pałacu Cesarskiego w Tokio w 1869 roku.
Kiedy odwiedził pałac w Kioto w 1877 roku, żałował, że jego rezydencja i okoliczne budowle zajmowane niegdyś przez arystokratów zostały zrujnowane. Władze prefektury Kioto usunęły ich pozostałości, tworząc duży kompleks pałacowo-parkowy Kyōto Gyoen w kształcie prostokąta o długości około 0,8 km ze wschodu na zachód i około 1,4 km z północy na południe. Został on otwarty dla publiczności w 1949 roku.
Obecnie obchodzone są w pałacu niektóre ważne wydarzenia dworskie, jak „Spotkanie przy Herbacie w Pałacu Cesarskim w Kioto” (Kyoto Imperial Palace Tea Party), organizowane przez parę cesarską. Pałac przyjmuje również gości państwowych i odgrywa ważną rolę jako miejsce przybliżające obcokrajowcom japońską kulturę dworską. Na terenie pałacu oprócz zabudowań pałacowych znajdują się dwa ogrody.
Opis Wewnątrz tego obszaru parkowego znajduje się także poboczny kompleks pałacowy Sentō (仙洞御所, Sentō Gosho).