Od 1986 zaczął badania sztuki naskalnej w rejonie egipskich oaz Dachla. W 1980 i 1981 prowadził również krótkie rekonesanse badawcze w Algierii, głównie badając ryty naskalne masywu Tassili. Od 1978 do 1990 roku brał także udział w kierowanych przez profesora Dietricha Wildunga wykopaliskach w Minszat Abu Omar w delcie Nilu, a w latach 1984–1988 był uczestnikiem prac w Kom el-Hisn w Egipcie.

W dorobku Krzyżaniaka znajduje się prawie 220 artykułów naukowych i popularnonaukowych. Znany jest także jako autor wielu książek archeologicznych, przede wszystkim traktujących o archeologii śródziemnomorskiej. Redagował także katalogi wystaw odbywających się w Muzeum Archeologicznym w Poznaniu. Był przewodniczącym jednej z komisji Międzynarodowej Unii Nauk Pre- i Protohistorycznych oraz Rady Poznańskiego Towarzystwa Prehistorycznego. Z ramienia UNESCO był ekspertem ds. Muzeum Nubijskiego w Asuanie i Muzeum Cywilizacji Egipskiej w Kairze. Ponadto udzielał się jako członek wielu towarzystw naukowych oraz archeologicznych.