Zod i jego załoga uwalniają się z więzienia, gdzie zostali wtrąceni za zdradę stanu w związku z ich działaniami przeciwko Kryptonowi. Udają się na Ziemię, by przekształcić ją w nowy Krypton, jako że posiadają kilka zdolnych do tego urządzeń ocalałych z kryptońskich placówek. Schwytawszy Clarka i Lois oficer naukowy Zoda, Jax-Ur, wydobywa z niego kodeks – kryptoński artefakt zawierający materiał genetyczny kryptońskich dzieci. Wykorzystując sztuczną inteligencję do przejęcia kontroli nad statkiem Clark i Lois uciekają i ostrzegają wojsko amerykańskie o planie Zoda, co prowadzi do konfrontacji Clarka z oddziałami Zoda.
Zod uruchamia swoje najpotężniejsze urządzenie, World Engine, które poważnie niszczy Metropolis i zagraża istnieniu ludzkości. Otrzymując kryptonim „Superman” Clark niszczy World Engine, natomiast wojsko przeprowadza samobójczy atak wysyłając oddziały Zoda z powrotem do więzienia. Kiedy statek zostaje zniszczony, a jedyna nadzieja Kryptona na odrodzenie przepada, Zod z zemsty przysięga zniszczyć Ziemię i jej mieszkańców. Walczy z Clarkiem, który zmuszony jest go zabić, gdy ten atakuje rodzinę na stacji kolejowej. Clark przekonuje rząd, by pozwolił mu działać niezależnie pod warunkiem, że nie zwróci się przeciwko ludzkości.