Stephen Kiprotich (ur. 27 lutego 1989) – ugandyjski lekkoatleta specjalizujący się w biegach długich.
Na międzynarodowej arenie zadebiutował w 2006 roku bez większych sukcesów startując w mistrzostwach świata w biegach przełajowych. Rok później odpadł w eliminacjach mistrzostwa świata w rywalizacji na dystansie 5000 metrów. W biegu na 10 000 metrów zajął w 2008 roku w Bydgoszczy piąte miejsce podczas juniorskich mistrzostw świata, a w 2010 był w tej konkurencji szósty na mistrzostwach Afryki. Wraz z kolegami z reprezentacji zdobył w 2011 drużynowe wicemistrzostwo świata w biegach przełajowych. Na dziewiątej pozycji ukończył bieg maratoński na mistrzostwach świata w Daegu (2011). Podczas igrzysk olimpijskich w Londynie zdobył złoty medal olimpijski w maratonie – był to pierwszy medal igrzysk olimpijskich dla Ugandy od 1996 roku oraz pierwszy złoty medal dla tego kraju od czasu wygrania w 1972 roku przez Johna Akii-Bua biegu na 400 metrów przez płotki podczas igrzysk w Monachium.