Był mocno krytykowany za swoje proniemieckie nastawienie – stał na czele tzw. Międzynarodowej Unii Intelektualnej, która w 1934 roku witała przybywającego z wizytą do Warszawy Goebbelsa. Kiedy wybuchła II wojna światowa Zieliński, za zgodą władz niemieckich, został wywieziony przez swojego syna do Monachium. Zatrzymał się w Schondorf nad Ammersee u syna Feliksa, nauczyciela miejscowego gimnazjum. Zmarł w 1944 w Schondorf i został pochowany na miejscowym cmentarzu przy kościele św. Anny. Według Olczakowej – proces demencji starczej był u progu wybuchu wojny u Zielińskiego już mocno posunięty i nie do końca zdawał sobie sprawy z wojny i sytuacji w jakiej się Polska i świat znalazły. Przeczy temu bezbłędne pod względem warsztatowym Chrześcijaństwo antyczne – wielkie, ukończone niedługo przed jego śmiercią dzieło, pisane w bardzo trudnych, także pod względem dostępu do źródeł, warunkach. Do końca życia tytułował się profesorem Uniwersytetu Warszawskiego.