XIX wieku pełnił Frydrych Robbert, sprawujący jednocześnie stanowisko nauczyciela w miejscowej szkole.
W okresie międzywojennym nabożeństwa w sejneńskim kościele ewangelickim były prowadzone przez kapelana wojskowego Korpusu Ochrony Pogranicza, pełniącego obowiązki pastora filiału.
Po wybuchu II wojny światowej nabożeństwa w kościele nie odbywały się z powodu sprzeciwu miejscowych duchownych wobec nakazu prowadzenia ich w języku niemieckim.
Po 1945 kościół wraz z sąsiednimi nieruchomościami należącymi do miejscowego zboru został przejęty przez katolików. Kościół ewangelicki został przekształcony na rzymskokatolicki kościół garnizonowy i uzyskał wezwanie Matki Boskiej Częstochowskiej. Po likwidacji miejscowej bazy wojskowej został on przeznaczony na świątynię pomocniczą, w której odbywały się regularne msze. Po Soborze watykańskim II rozpoczęto tu prowadzenie mszy w języku polskim i litewskim, co trwało do czasu przeniesienia litewskojęzycznych liturgii do miejscowej bazyliki wiosną 1983. W 1973 dokonano modernizacji wnętrza oraz zewnętrznej fasady obiektu. Odnowione został tynki, oświetlenie oraz naprawiono dach i krzyż na wieży, pod którym zostały umieszczone dwie blaszane kule. Powstał wtedy także nowy ołtarz, w który wmurowane zostało tabernakulum oraz został wybudowany chodnik prowadzący do świątyni.