W 1653 w Łubniach zatrzymał się, w drodze powrotnej z Moskwy do Konstantynopola, patriarcha konstantynopolitański Atanazy III, zmuszony do tego chorobą. Hierarcha zmarł w monasterze 5 kwietnia 1654 i zgodnie ze swoją wolą został w nim pochowany. Według prawosławnej tradycji jego ciało nie uległo rozkładowi. W 1662 na polecenie metropolity Gazy Paisjusza grób patriarchy został otwarty, a sam hierarcha zaliczony w poczet świętych biskupów z dodatkowym przydomkiem cudotwórca łubieński. Klasztor ulegał zniszczeniu w czasie pożaru w 1726 i 1785, jednak za każdym razem był odbudowywany. Do monasteru wielokrotnie wstępowali starzy Kozacy zaporoscy, gdy podeszły wiek uniemożliwiał im prowadzenie dotychczasowego trybu życia. W 1663, po zrzeczeniu się godności hetmana wojsk zaporoskich, do wspólnoty wstąpił Jerzy Chmielnicki, przyjmując imię zakonne Gedeon. W 1678 w monasterze odbył się ponowny pochówek metropolity kijowskiego Józefa (Nielubowicza-Tukalskiego).