7 października 2001 roku pobił rekord Marka McGwire'a w liczbie zdobytych home runów w sezonie (w sumie 73), zaś 7 sierpnia 2007 wyprzedził Hanka Aarona w liczbie zdobytych home runów w karierze (w sumie zdobył ich 762 – rekord do dziś nie pobity).
W 2003 roku Bonds zeznawał przed wielką ławą przysięgłych w sprawie zażywania niedozwolonych środków, po śledztwie przeprowadzonym w firmie BALCo, jednak przyznał, że nigdy świadomie ich nie zażywał. Cztery lata później został uniewinniony. W 2007 został oskarżony o składanie fałszywych zeznań na poprzednich procesach. Sąd skazał go na 30 dni aresztu domowego, dwa lata nadzoru sądowego oraz 250 godzin prac społecznych za uniemożliwienie przeprowadzenia śledztwa w sprawie ujawnienia brania sterydów.
W grudniu 2015 został ogłoszony nowym trenerem pałkarzy Miami Marlins. Pod koniec sezonu 2016 został z tej funkcji zwolniony.
Nagrody i wyróżnienia Nagroda/wyróżnienieLataŹródło7× MVP National League 1990, 1992, 1993, 2001, 2002, 2003, 200414× All-Star 1990, 1992, 1993, 1994, 1995, 1996,