Początek wojny w 1939 zastał ją we Lwowie. Tabor przemieścił się na tereny zajęte przez Niemców. W 1941 w okolicach Białej Podlaskiej Niemcy wymordowali cały składający się z ponad 80 osób tabor, w tym jej rodziców i rodzeństwo. Alfredzie Markowskiej udało się przeżyć, gdyż w dniu masakry wędrowała po okolicznych wioskach w celu zdobycia żywności za wróżenie. Została uratowana przez miejscową chłopkę, która ostrzegła ją i ukryła w szopie. Po masakrze przedostała się, wędrując lasami do Rozwadowa, ważnego ówcześnie węzła kolejowego, gdzie znajdowało się obozowisko dla Romów zmuszonych do przymusowej pracy przy kolei. Wkrótce Alfreda Markowska i jej mąż (który wcześniej udał się do krewnych do Rozwadowa) zostali osadzeni w getcie lubelskim, następnie byli przewożeni do Łodzi i Bełżca, skąd uciekli, po czym powrócili do Rozwadowa. Została wówczas zatrudniona na kolei, uzyskując kennkartę i zaświadczenie o pracy przydatnej dla III Rzeszy, chroniące ją i męża przed łapankami.