Całą kolekcję wraz z popiersiem ewakuowano. Figurę Nefertiti zdeponowano w piwnicach Pruskiego Banku Państwowego, zaś jesienią 1941 roku umieszczono w berlińskim bunkrze artylerii przeciwlotniczej, Flakturm. W roku 1943, podczas bombardowań Berlina przez RAF, Neues Museum uległo zniszczeniu, a 6 marca 1945 roku popiersie powędrowało do kopalni soli w Merkers-Kieselbach w Turyngii. W tym samym jeszcze miesiącu popiersie odnalazły i zabezpieczyły wojska amerykańskie. Na polecenie Amerykanów popiersie zdeponowano w Reichsbanku we Frankfurcie nad Menem, zaś w sierpniu przewieziono statkiem do US Central Collecting Point w Wiesbaden, gdzie prezentowano dzieło publicznie do roku 1946. Władze Niemiec Wschodnich (NRD) rościły sobie pretensje do popiersia i żądały jego powrotu na Wyspę Muzeów, włączoną do Berlina Wschodniego.
Dekadę później przewieziono je do Berlina Zachodniego i umieszczone w oddziale Muzeów Państwowych na Dahlem. W roku 1967, Nefertiti przeniesiono do Muzeum Egipskiego do Charlottenburga, gdzie było eksponowane do roku 2005. Następnie popiersie wróciło na Wyspę Muzeów i umieszczono w Altes Museum.