W 1896 w Kolonii Pangritza utworzono samodzielną placówkę duszpasterską, zaś w 1899 roku erygowano parafię ewangelicką.
W czasie II wojny światowej z kościoła zarekwirowano 2 dzwony na cele wojenne. W czasie oblężenia Elbląga kościół św. Pawła kościół został poważnie uszkodzony, a po zakończeniu walk zdewastowany przez żołnierzy Armii Czerwonej, którzy utworzyli w nim stajnię dla koni. Świątynia posiadała 5 uszkodzeń w wiązaniach dachowych, zniszczoną dachówkę, wieża w górnej części uszkodzona dwoma pociskami, prawie w całości była pozbawiona blachy. W apsydzie wyrwano okno łącznie z ramami, oraz rozbito główny ołtarz. Została również rozbita lewa zakrystia oraz zniszczone zostało większość okien.
Uszkodzony i zdewastowany kościół został przejęty przez zakon franciszkański latem 1945 roku. Po częściowym doprowadzeniu do stanu używalności świątynia została poświęcona 15 sierpnia 1945 roku. Remont kościoła trwał krótko, ponieważ zakończył się pod już koniec 1945 roku.