Systematyka Całkowicie przegrodzone nozdrza wewnętrzne, dobrze wykształcone wyrostki przedni i tylny na bocznej krawędzi kości zewnętrznoskrzydłowej, kość zębowa nie sięgająca poniżej okna żuchwowego, brak przegród międzyzębodołowych (interalveolar septa), lekko wydłużona faseta stawowa (glenoid facet), na której nie występuje tylny grzebień oraz udział kości nadkątowej w fasecie stawowej to kombinacja cech występująca u bazalnych przedstawicieli Notosuchia, obecna również u Uruguaysuchus. Carlos Rusconi zaklasyfikował Uruguaysuchus do odrębnej rodziny Uruguaysuchidae, przy czym uważał ją za blisko spokrewnioną z Notosuchidae. W 1971 roku, w pracy nazywającej Notosuchia, Zulma Gasparini zaliczyła do Uruguaysuchidae również rodzaj Araripesuchus. Późniejsze analizy kladystyczne zwykle umiejscawiały oba te rodzaje w zbliżonych miejscach drzewa filogenetycznego, choć nie jako taksony siostrzane: np. według Sereno i Larssona (2009) Uruguaysuchus był bliżej spokrewniony z Anatosuchus i Simosuchus, a według Turnera i Serticha (2010) cztery gatunki Araripesuchus tworzą parafiletyczną grupę zewnętrzną dla kladu obejmującego Uruguaysuchus i większość pozostałych przedstawicieli Notosuchia.